Институт микробиологии и вирусологии основан в 1956 г. на основании Постановления Президиума Академии Наук Казахской ССР №13 от 30 января 1956 г. Институт микробиологии и вирусологии является ведущей научной организацией в Казахстане, разрабатывающей фундаментальные и фундаментально-прикладные проблемы в области микробиологии и вирусологии.